Nutze bitte die Editorbezeichnungen "NewInseledit" oder "Landscape" insofern du etwas nachfragst, sonst kommt die Community durcheinander.
Die Abbauplätze sind in der Tat die Punkte an denen die Mine im Spiel gesetzt werden kann,
Bisher hatte ich keinerlei Fehler der Übertragung dieser Orte. Es geht mit beiden Editoren problemlos, allerdings gibt es einen Haken.
Nicht mehr benötigte Abbauplätze kann man mit "Region einfügen" im Landscape nicht überspeichern. Sie "kommen immer wieder durch."
Man hat dann eine "unfreiwillige Vermehrung" dieser Orte.
Ein Fehler wie du ihn beschriebst kam mir bisher nicht unter.
Man muss also vorher festlegen ob man diese Abbauplätze will und die Häkchen setzen.
Alte, nicht mehr benötigte Abbauplätze entfernt man im Landscape, indem man das Tab "Minen" anwählt, die entsprechenden Punkte auf der Map anwählt und auf der Tastatur auf "entfernen" drückt.
Genau so kann man auch neue Minen und Abbauplätze mit "einfügen" erstellen.
Einen Hotkey für "gesamte Insel selektieren" gibt es meines Wissens nicht.
Hierzu nutzt man den "New InselEdit" Editor.
Lade die QuellInsel hinein, gehe auf das Tab "kopieren", klicke auf die grosse Map, ziehe das dann entstehende Kästchen, welches man dann dort sieht, mit der Mouse in entsprechende Größe und klicke auf "Bereich in Buffer schreiben". Das Kästchen müsste dann rot werden.
Lade dann die Dummyinsel, der rote Buffer- Bereich wird wieder erscheinen. (In entsprechender Größe)
Gehe damit auf die Position an der die Fläche hineinkopiert werden soll. Klicke auf "Buffer n*m einfügen"
Damit hast du dann das gesamte Buffer- Gebiet übertragen, es ginge auch damit eine Insel zu übertragen.
Als scp Insel speichern.
Nacharbeit, wiederum im Landscape.
So kann man übrigens auch die Berge wesentlich sauberer inkl Abbauplätzen kopieren.
Ich nutze ohnehin beide Editoren, fürs Berge übertragen nehme ich niemals Landscape, da dies oft Grafikmatsch ergäbe. Habe da wohl was verwechselt. 
