Die KI-Werft nutze ich nicht, aber im Allgemeinen ist es schon so, das Dinge, die mir eine Mod eingebracht haben, am Ende verschwunden sind, wenn die Mod wieder entfernt wurde. Ich hatte vor GU 6 einen per Mod hinzugefügten Super-Schlachtkreuzer mit jeder Menge legendärer Items. Da die Scrollerei nicht mehr funktionierte, hab ich sie testweise entfernt. Das Schiff war weg, die Items auch und neu bauen kann ich nun auch nicht mehr wegen der Scrollgeschichte. Analog hatte ich es in Rathäusern und Handelskammern mit Reichweitenerhöhung und Anzahl der Items. Zumindest da funktioniert ja das Scrollen noch, aber ohne Mod bleiben von 30 gesockelten eben nur noch 3 drin, der Rest verschwindet im Nimmerland.
Soweit ich den Code der Mods verstehe, sollte es bei der KI-Werft spätestens mit Löschen des .cache-Ordners ähnlich sein. Eine deaktivierte Mod, die aber noch im Cache ist, führt, zumindest bei mir, immer zu einem Absturz, weil mit der Umbenennung des Mod-Ordners die Pfade nicht mehr stimmen.