Das liegt daran, das es zwei Werte im Spiel gibt. Die Ladekapazität, das ist das was du hochgestellt hast, und die Einstellung der Kapazität im Routenplaner.
Das was du vermutlich geändert hast ist das "Stacklimit". Für die Routen musst du aber anschließend noch MaxGoodTransferAmount und DefaultGoodTransferAmount ändern. Ich weis nicht genau was der Unterschied zwischen beiden ist. Vermutlich Segelschiff vs Dampfschiff oder so. Trag beidesmal einfach den selben Wert ein. Dieser muss nicht das Stacklimit sein, wenn du aber sehen willst im Routenplaner wieviel geladen wird, sollte es das sein und im Spiel ist es auch immer so.
Wenn du nicht weißt wie das geht... Spice it up... der Mod shipcapacity macht das da siehst du alle drei Werte.